Binnen de GGD Amsterdam is veel aandacht voor kwaliteitszorg. De eerste kwaliteitssystemen zijn ontstaan in de jaren ’90. Vanaf 2003 zijn steeds meer onderdelen gecertificeerd of geaccrediteerd. De verwachting is in 2011 ook de laatste afdelingen hun kwaliteitssysteem extern laten toetsen.
Op dit moment gelden voor onderdelen van de werkzaamheden van de GGD de volgende kwaliteitsnormen en richtlijnen:

HKZ
- HKZ Certificatieschema Organisaties voor Openbare Gezondheidszorg
· Deelschema Epidemiologie en Beleidsadvisering
· Deelschema Forensische Geneeskunde
· Deelschema Gezondheidsbevordering
· Deelschema Infectieziektenbestrijding
· Deelschema Jeugdgezondheidszorg 0-19
· Deelschema Medisch Milieukundige zorg
· Deelschema Openbare Geestelijke Gezondheidszorg - HKZ Certificatieschema GHOR Bureau

CCKL
- Coördinatie Commissie ter bevordering van de Kwaliteitsbeheersing op het gebied van Laboratoriumonderzoek in de Gezondheidszorg, zie gegevens bij CCKL, Registratienummer R102.
ISO17025
- Algemene eisen aan de competentie van beproevings- en kalibratielaboratoria, zie de scope bij de Raad van Accreditatie, accreditatienummer L426

ISO9001
- Voor werkzaamheden die niet onder één van de bovenstaande normen of richtlijnen vallen.

In de onderstaande tabel is per afdeling aangegeven voor welke norm of richtlijn een externe beoordeling positief is afgerond (klik op de kleine plaatjes om het gehele certificaat te bekijken):